Ignorant tout de l'Algérie, Naegelen se veut d'abord le représentant de
la France et le dépositaire de l'autorité de l'Etat. Hostile à toute
forme de nationalisme algérien, et notamment aux militants du MTLD de
Messali Hadj qu'il confond dans une même opprobre avec les séparatistes
alsaciens, il couvre l'administration dans la gigantesque opération de
trucage de l'élection de l'Assemblée algérienne qui, en avril 1948, a
peuplé de candidats purement administratifs la représentation du
deuxième collège. Ces "élections Naegelen" suscitent, tant en métropole
qu'à l'étranger, diverses protestations que l'intéressé s'attache à
minimiser. Par la suite, il tente sans grand succès de nouer des liens
fructueux avec l'Assemblée algérienne en vue d'améliorer le statut de
1947, et d'introduire diverses réformes économiques et scolaires. Grand
colonial à sa façon, mais peu soucieux de promouvoir la démocratie dans
les rouages de la politique algérienne, Charles-Edmond Naegelen a réuni
ses souvenirs de gouverneur général dans Mission en Algérie, ouvrage
trop auto-justificatif pour être crédible. Le renouvellement triennal
de l'Assemblée algérienne, en février 1951, ayant donné lieu aux mêmes
débordements et levé les mêmes protestations, il remet sa démission le
15 mars.